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BioEdit软件是一款为分子生物学科研人员提供的序列对比工具,这款软件可以让你在电脑上通过简单的点击操作查看和操作序列。这款软件和同类工具DNAMAN 相比,其分析内容相对更丰富一些,并且提供了很多网络程序的分析界面和接口。
首先要把所有的序列复制到windows自带的记事本中,全部以fasta格式存到同一个文件中,保存成*.txt,序列内部最好不要有空格或者换行。
序列格式举例如下:
“>序列1
ATCG..........ATCG
>序列2
ATCG..........ATCG
>序列3
ATCG..........ATCG
>序列4
ATCG..........ATCG”
然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt,点击窗口上方的Accessory application菜单,再点击clustelW multiple alignment,这时候会弹出一个窗口,直接选择Run clustalW,又弹出一个窗口,选择ok,等待结果就行了。
最后的比对结果可以保存成*.fas格式,适用于各种分析。
手对齐的几种模式
自动化ClustalW对齐
自动爆炸搜索(本地和WWW)
质粒绘图和注释
附件应用程序配置
限制映射