货物运输(国税、地税)发票检查软件是一款针对货代行业中国家统一制定的《国际货物运输代理业专用发票》而开发的发票(国税、地税)检测工具，检查软件配合国家税务总局对税控发票的要求，提供税存根联申报数据发票检查、发票抵扣联申报数据检查等功能，实现对发票的税控管理，达到以票控税的目的。

货运发票使用范围

(1)自开票纳税人认定

①从事货物运输的承包人、承租人、挂靠人和个体运输户不得认定为自开票纳税人；

②铁路运输、管道运输、国家海洋运输业务，装卸搬运以及公路、内河客运业务的纳税义务人，不需要进行自开票纳税人资格认定。

(2)代开票情形

代开发票归纳：

①不符合自开票规定的纳税人(承包、承租、挂靠、个体运输户)；

②不需要办理工商登记和税务登记的单位和个人；

③取照后，办理税务登记前发生的运输业务；

④未办而补办税务登记之间发生的运输业务。

(3)代开票的开具要求

代开票时需要征收的税种：营业税、城建税、教育费附加、企业所得税。

(4)核定征收中的代开票问题

①按照《试行办法》的规定，对代开票纳税人实行定期定额征收方法。凡核定的营业额低于当地确定的营业税起征点的，不征收营业税；凡核定的营业额高于当地确定的营业税起征点的，代开发票时按规定征收税款。

②单位和个人利用自备车辆偶尔对外提供货物运输劳务的，可不进行定期定额管理，代开票时对其按次征税。

③代开票纳税人实行定期定额征收方法时，为避免在代开票时按票征收发生重复征税，对代开票纳税人可采取以下征收方法：

a.在代开票时按开具的货物运输业发票上注明的营业税应税收入按规定征收(代征)营业税、所得税及附加。

b.代开票纳税人采取按月还是按季结算，由省级地方税务局确定。

c.代开票纳税人在缴纳定额税款时，其在代开票时取得的税收完税凭证上注明的税款大于定额税款的，不再缴纳定额税款；完税凭证上注明的税款小于定额的，则补缴完税凭证上注明的税款与定额税款差额部分。

(5)货运发票的抵扣问题

①准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。

②增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。

货运发票作废

对货运发票的作废的操作，《国家税务总局关于使用新版公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》(国税发[2006]67号)规定为“在填开和打印时发现有误的，可即时作废，并在废票全部联次监制章部位作剪口处理，在领购新票时交主管税务机关查验”。

纳税人需要注意的是，此项条款已经作废，在以后进行货运发票作废操作时要遵照新规定。本次《通知》规定，在开具货运发票的当月，发生取消运输合同、退回运费、开票有误等情形，开票方收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。

《通知》规定了作废发票必须数据处理和纸质处理同步，作废货运发票必须在公路、内河货物运输业发票税控系统(以下简称货运发票税控系统)开票软件(包括自开票软件和代开票软件)中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质货运发票(含未打印货运发票)各联次上注明“作废”字样，全部联次监制章部位作剪口处理，在领购新票时交主管税务机关查验。

作废发票必须同时具有以下情形：

(1)收到退回发票联、抵扣联的时间未超过开票方开票的当月；

(2)开票方未进行税控盘(或传输盘)抄税且未记账；

(3)受票方为增值税一般纳税人的，该纳税人未将抵扣联认证或认证结果为“纳税人识别号认证不符”(指发票所列受票方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符)、“发票代码、号码认证不符”(指机打代码或号码与发票代码或号码不符)。不符合条件的，不得进行作废操作。